Para acceder remotamente a mysql puedes hacer uso de varias herramientas aunque yo prefiero hacerlo por ssh, de todos modos cada uno lo hace como mejor se acomode, ahora bien antes de acceder pues debes permitir el acceso remoto a mysql para eso debes editar el archivo my.cnf.

# vi /etc/my.cnf

Primero comenta la línea skip-networking en caso de que estuviera en el archivo
Luego agrega la siguiente línea:

bind-address = ip_remota

Puedes poner también

bind-address = 0.0.0.0

Pero esto significa que estás permitiendo acceso a tu server desde cuaqluier IP, no es muy recomendable por temas de seguridad, el mismo hecho de dar acceso remoto a tu server ya es un peligro asi que si lo vas sa hacer coloca sola la o las IP que deseas se conecten:

Para saber como agregar usuarios mysql y darles privilegios para conexión remota mira la entrada Agregar usuario mysql y darle permisos en este mismo blog.